Database Biologi Molekular

Dalam perkembangan ilmu biologi molekular, database adalah kumpulan data yang terkomputerisasi dan saling terkait satu sama lainnya. Database diperuntukkan sebagai penyimpan dan pengambil informasi melalui proses pencarian. Untuk mempermudah penyimpanan dan pengaksesan dari seluruh penjuru dunia, maka digunakanlah world wide web.

Data dari para ilmuwan dengan berbagai bidang biologi molekular seperti data genomik, proteomik, metabolomik, microarray, dan filogenetik disimpan dalam databese tertentu. Database yang disimpan berupa DNA, RNA, dan protein dengan tujuan untuk berbagi keperluan seperti analisis filogenetik molekular dan kajian bioinformatika. 

Tujuan didirikannya database adalah untuk transaksi data dan sekaligus sebagai knowledge discovery, yakni mencari hubungan antara informasi satu dengan yang lainnya yang belum diketahui pada saat informasi tersebut disimpan.

Pusat penyimpanan database biologi molekular terdiri dari database primer, database sekunder, dan database spesifik. Data tersebut tersimpan dalam pangkalan penyimpan data dalam jumlah yang sangat besar. Hal ini diperlukan teknologi informasi untuk mengolah pesatnya data tersebut.

Data mining (penggalian data) adalah teknik untuk menggali informasi dari data dengan skala besar. Dalam kajian bioinformatika, data mining digunakan untuk analisa data seperti sekuens DNA, urutan asam amino, dan ekspresi gen. 

Berikut adalah pangakalan database biologi molekular yang ada di dunia:

GenBank
Web: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank
Keterangan: Pusat database sekuens

European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Web: www.ebi.ac.uk/embl/
Keterangan: Pusat database sekuens

DNA databank of Japan (DDBJ)
wb: www.ddbj.nig.ac.jp
Keterangan: Pusat database sekuens

RefSeq
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Sekuens nonredundan dari GenBank

Alternative splicing and transcript diversity database (ASTD)
Web: www.h-invitational.jp/h-dbas
Keterangan: cDNA Manusia yang sudah di-splicing

RepBase
Web: http://www.girinst.org/server/RepBase
Keterangan: Sekuens repetisi pada eukariotik

STRBase
Web: www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/
Keterangan: Sekuens tandem yang pendek

TIGR plant repeat database
Web: www.tigr.org/tdb/e2k1/plant.repeats
Keterangan: Sekuens repetisi pada tanaman

ACLAME
Web: aclame.ulb.ac.be
Keterangan: Elemen genetik mobile pada prokarotik

ISfinder
Web: http://www-is.biotoul.fr
Keterangan: Sekuens insersi dari eubakteri dan archaea

MICdb
Web: http://www.cdfd.org.in/mica
Keterangan: Mikrosatelit pada prokariota

TRANSFAC
Web: http://www.generegulation.com/
Keterangan: Transcription factor binding sites

PlantCARE
Web: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html
Keterangan: Elemen regulasi pada tanaman

 

RegulonDB
Web: http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb
Keterangan: Gen regulasi pada E. coli

Rfam
Web: www.sanger.ac.uk/Software/Rfam
Keterangan: Struktur ncRNA dan elemen regulator

NONCODE
Web: www.noncode.org
Keterangan: ncRNA dari semua spesies

RNAdb
Web: research.imb.uq.edu.au/rnadb
Keterangan: ncRNA pada mamalia

fRNAdb
Web: www.ncrna.org
Keterangan: Meta-database ncRNA

UTRdb/UTRsite
Web: www.ba.itb.cnr.it/UTR
Keterangan: Eleman pada UTR (untranslated regions)

PolyA_DB
Web: polya.umdnj.edu
Keterangan: Polyadenylation

IRESdb
Web: www.rangueil.inserm.fr/IRESdatabase
Keterangan: Ribosom internal

dbRES
Web: bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/dbRES
Keterangan: Editing RNA

European Ribosomal Database
Web: bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/rRNA
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA

Ribosomal Database Project
Web: rdp.cme.msu.edu
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA

5S ribosomal RNA database
Web: www.man.poznan.pl/5SData
Keterangan: 5S rRNA

Sprinzl’s tRNA compilation
Web: www.tRNA.uni-bayreuth.de
Keterangan: tRNA

SRPDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/SRPDB/SRPDB.html
Keterangan: Signal recognition particle RNA

tmRDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/tmRDB/tmRDB.html
Keterangan: mRNA / tRNA

Group I intron sequence and structure Database (GISSD)
Web: http://www.rna.whu.edu.cn/gissd/
Keterangan: Group I self-splicing introns

Group II intron Database
Web: www.fp.ucalgary.ca/group2introns
Keterangan: Group II self-splicing introns

mirBase
Web: microrna.sanger.ac.uk
Keterangan: Sekuens miRNA

Flybase
Web: http://flybase.org/
Keterangan: Informasi gen Drosophila

Uniprot
Web: http://uniprot.org/
Keterangan: Database protein

Ensembl
Web: http://ensembl.org
Keterangan: Genom dan produk gen eukariotik

PhosphoSitePlus
Web: http://phosphosite.org/
Keterangan: Modifikasi pasca-translasi sekuens protein

Penulis:
Mh Badrut Tamam, M. Sc.
email: mh.badruttamam@generasibiologi.com 

 

Sumber : Generasi Biologi